Der Verein wurde im März 1946 von Emder Fußballern als Nachfolger mehrerer nach Kriegsende zwangsaufgelösten Emder Vereine gegründet und zählt heute rund 900 Mitglieder, hauptsächlich in der Sparte Fußball. Von 1949 bis 1964 spielte der BSV Kickers in der Amateuroberliga Niedersachsen-West, die bis 1963 nach der Oberliga Nord die damals zweithöchste Spielklasse darstellte. Der Aufstieg in die Oberliga wurde 1951 knapp verpasst. Ferner existiert im Verein eine Tischtennis-Sparte, die älteste Tischtennissparte Emdens. Am 15. Mai 2008 fusionierte der Ballspielverein Kickers Emden e.V. mit dem 1976 gegründeten SV Blau-Gelb Barenburg-Emden e.V. (vormals „Postsportverein“) zum „Barenburger Sportverein Kickers Emden e.V.“. Die Fans des BSV Kickers sind im Fanclub-Dachverband (FCDV) organisiert, welcher zirka 450 Mitglieder zählt.

1991 gelang der Aufstieg in die damals drittklassige Oberliga Nord. 1994 gewannen die Emder in dieser Klasse sogar die Nordmeisterschaft, scheiterten aber in der Aufstiegsrunde zur 2. Bundesliga. Offiziell 12.000, angeblich sogar 14.000 Zuschauer bei den Aufstiegsspielen bilden den bis heute gültigen Zuschauerrekord.

Nach dem verpassten Aufstieg spielten die Kickers in der damals neu gegründeten Regionalliga Nord (Nordwestdeutschland), in der sie bis zum Abstieg 1999 nie schlechter standen als auf dem neunten Tabellenplatz. In der Oberliga Nord (Staffel Niedersachsen-Bremen) gewannen die Emder 2000 und 2003 die Meisterschaft, scheiterten aber in beiden Fällen in der Relegation. 2001 waren die Kickers Vizemeister, punktgleich mit dem Meister Göttingen 05. In der 2004/05 neu gegründeten Oberliga Nord gewann der Verein in der ersten Saison auf Anhieb und für Experten durchaus überraschend die Meisterschaft. Damit spielte der Verein seit der Saison 2005/06 wieder in der Fußball-Regionalliga, die - anders als in den 1990ern - nun zweigleisig aufgebaut war.

Im DFB-Pokal spielten die Kickers 1992/1993 (1. Runde: 1:5 gg. 1. FC Saarbrücken), 1996/97 (1. Runde: 1:3 gg. Fortuna Düsseldorf) und zuletzt 2000/01 (1. Runde: 0:1 gg. Mainz 05), schieden aber immer in der ersten Runde aus.

Am 30. Mai 2007, drei Tage vor dem letzten Saisonspiel und der letzten minimalen Aufstiegschance in die 2. Bundesliga, gab der Verein bekannt, dass Trainer Marc Fascher seinen bis zum 30. Juni 2008 laufenden mündlichen Vertrag aus persönlichen Gründen nicht erfüllen wird. Am 1. Juni 2007 wurde Marc Fascher fristlos vom Verein gekündigt, woraufhin sich der Co-Trainer Michael Boris weigerte, die Mannschaft am letzten Saisonspiel zu betreuen. So wurde die Mannschaft vom 2. Co-Trainer John van Buskirk betreut. Am 10. Juni 2007 übernahm Stefan Emmerling das Amt des Cheftrainers von Emden. Zuvor war Emmerling bei der zweiten Mannschaft von Alemannia Aachen tätig.

Am 31. Mai 2008 schaffte die Mannschaft die Qualifikation für die vom DFB neu gegründete 3. Liga. Ein neues ligataugliches Stadion für rund 10.000 Zuschauer ist derzeit in Planung. Mit dem Bau soll schnellstmöglich begonnen werden. Bis dahin behilft sich der Verein mit Provisorien wie dem Bau einer zusätzlichen Sitzplatztribüne. Das Spiel bei Wacker Burghausen wird mit einer Entfernung von etwa 942 Straßenkilometern das Spiel sein, bei dem die bislang größte Distanz zweier Vereine in den drei höchsten deutschen Fußballligen zurückgelegt werden muss (bislang: Rostock-Freiburg, zirka 928 km).